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力控制西域，西域再次出现半独立政权，直到元朝、明朝以及一七五九年清朝乾隆时期，中国再次控制了相当于西域的地区，并且于清朝后改名为新疆，从此新疆成为中国的行政区划之一。

    元、明时期西域的情况，一二零六年，蒙古族杰出领袖铁木真建立蒙古汗国，被尊奉为“成吉思汗”（“拥有四海的君主”），不久成吉思汗率军进入新疆，把他征服的地方分封给次子察哈台，建立四大汗国之一的察哈台汗国，四大汗国中，元帝国即元朝居于宗主国地位，元朝皇帝被尊为“大汗”，与此同时，唐朝后期（九世纪中期）起从蒙古高原西迁到今天新疆地区的回鹘人的一支高昌回鹘，除了已经与当地原住民（属于白色人种）以及部分吐番人、契丹人融合，并于十世纪起改信伊斯兰教并译为“畏兀儿”之外，如今又吸收了蒙、汉、藏等民族成份，逐渐发展为近代维吾尔族，十四世纪初期，察哈台汗国开始分裂为东、西两部，东部包括喀什、吐鲁番一带，西部以撒马尔罕为中心，统治帕米尔高原以西地区，今天的新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下，明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下，明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（一五一四到一六七八年），直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭，所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权管辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。

    元、明时期对西藏的管辖，众所周知，元朝设置宣政院管理西藏地区军政要务，这是西藏正式纳入我国版图的开始，元朝还在西